La Secretaría de Educación Municipal se rige por los siguientes objetivos:
- Formular, desarrollar, administrar y evaluar políticas, planes, programas y proyectos del sector educativo del municipio de Popayán, que propendan por la excelencia educativa y el aumento de la cobertura escolar en todas sus modalidades y niveles, de acuerdo al marco jurídico vigente.
- Velar por la construcción de planteles educativos, por su dotación y mantenimiento al igual que por las instalaciones deportivas, de Educación Física, y de recreación que se adelantan.
- Velar por la provisión del profesorado necesario tanto para la parte urbana como de la Rural.
- Dictar normas relacionadas con el sistema educativo, del pensum.
- Mantener un estricto control de las escuelas y colegios, todo conforme a la Ley 715 de 2001 y Ley 115 de 1994.
- Dentro de su jurisdicción debe velar por todos los medios por la erradicación de la marginalidad escolar.